Los textos sobre la homosexualidad en el antiguo Egipto no son muy numerosos. Son polémicos y están abiertos a diferentes interpretaciones. Esto no se debe a que el tema fuera considerado tabú, sino que puede deberse al tipo de fuentes que han llegado a nuestros días. La sexualidad casi nunca es representada y es rara su mención en los textos.De "El-Lahun" (Imperio Medio, hacia 1700 adC) proviene el papiro de la historia divina de Horus y Seth, cuyo texto completo se ha conservado en una copia del Imperio Nuevo (hacia 1200 adC). Seth había matado a su hermano, Osiris, y luchaba con Horus, hijo de Osiris, por el dominio de Egipto. En una escena se describe como Seth viola a Horus e intenta humillarlo de esta forma.
Set era algo parecido a un dios de la homosexualidad masculina durante el período faraónico. Se le representaba como un hombre de piel blanca o roja con cabeza de perro y una larga cola ahorquillada. La leyenda cuenta que se le concedió el dominio del Alto Egipto, mientras que a su sobrino Horus se le dio el del Bajo Egipto, lo que no hace más que reconocer la separación real política y cultural de ambos territorios durante la prehistoria egipcia. Después de la reunificación los dos dioses fueron representados frecuentemente como una pareja con el símbolo de la unidad entre ellos con ciertas insinuaciones homosexuales y ambiguas. En algunas versiones Set incluso da a luz a un niño de Horus.La historia de Horus y Seth podría indicar que en el antiguo Egipto existía una imagen de la homosexualidad similar a la existente en muchas culturas orientales. Las relaciones homosexuales son aceptadas para el homosexual activo (masculino), mientras que el pasivo (femenino) es despreciado.
En 1964 se descubrió en la necrópolis de Saqqara, una tumba en la que se representaban escenas de la vida cotidiana de una pareja de manicuros (Niankhkhnum y Khnumhotep) empleados en el palacio de Rey Niuserre (V dinastía) alrededor del 2.400 a.C., que aparecen abrazándose afectuosamente. Las imágenes de los dos hombres en la tumba son muy similares a las habituales de un matrimonio heterosexual encontradas en otras tumbas del mismo período.Si se interpreta la representación de Niankhkhnum y Khnumhotep en su tumba como una pareja homosexual, es posible que la sociedad egipcia aceptara la homosexualidad que se realizara de común acuerdo.
Del Imperio Medio (c. 2000 a 1700 adC) provienen dos obras literarias que tienen claramente como tema la homosexualidad. El texto de "El demandante de Menfis", conservado de forma fragmentaria, sólo en copias posteriores, cuenta la historia del general Sasenet y el rey Neferkara (nombre de trono, el nombre de nacimiento era Pepy). El rey iba todas las noches a la casa del general y tiraba una piedrecilla, el general descendía una escalera, tras lo que «su Majestad hacía lo que quería», lo que en textos egipcios antiguos es una perífrasis para la actividad sexual. El rey es observado por alguien en sus correrías nocturnas. No se conserva más de la historia, pero da la impresión de que el texto critica la actuación del rey. Si estas críticas están relacionadas con la homosexualidad de las acciones, o con el estatus social del amante, no se puede saber.
En el 1360 adC, el faraón Akhenaton nombró como sucesor a Semenejkara. Resulta especialmente llamativo el hecho de que se encontraron algunos retratos mostrando a estos dos personajes en poses afectuosas, lo que ha permitido a varios investigadores afirmar que Semenejkara era el amante de su antecesor.
En Tebas, Akhenaton fue representado en estatuas desnudas sin los genitales. También su cuerpo es usualmente representado con amplias caderas y muslos y una cintura delgada y generalmente pechos. Dado que estas estatuas solamente pueden haber sido realizadas con su permiso, algunos creen que quería ser una representación de la encarnación del dios de sol bisexual, madre y padre de toda vida, que se autoembarazo para crear la humanidad.
Según una de las versiones de la mitología egipcia Amón-Ra fue el primer dios y el creador de la vida y del universo. En las imágenes aparece representado como un hombre bien modelado físicamente con cabeza de carnero o como halcón coronado con dos largas plumas verticales, que simbolizan su poderosa sexualidad. La leyenda dice que tras masturbarse ingirió su propio semen, lo escupió y lo esparció creando así el universo y dando asimismo vida a Geb, dios de la Tierra y Nut, diosa del cielo. Amón era originalmente un dios menor, pero al ser el patrono de la poderosa Tebas, capital del Imperio Nuevo, se asimiló a Ra y su culto pasó a ser de enorme relevancia. En muchos de los templos dedicados a Amón, su estatua aparece como un hombre de cuerpo musculoso con el pene erguido entre las manos. Es posible que en algunos de sus templos se practicara la prostitución ritual tanto de hombres como de mujeres, práctica común unida a los cultos de fecundidad en el Medio Oriente antiguo.
En cuanto a la homosexualidad femenina, las únicas fuentes se reducen a las típicas escenas de harén, o banquetes, en las que las mujeres se acarician, se ungen con perfume unas a otras, se ofrecen mandrágoras o se intercambian joyas, con gestos que son veladamente explícitos de una relación lésbica.De todo lo dicho se puede deducir que no existía un tabú para las prácticas homosexuales, si bien no son demasiado frecuentes en las representaciones, es decir, lógicamente existían, pero tampoco eran muy partidarios de mostrarlas, al menos de modo explícito.